在成功扭转战局，将暗影议会舰队打得大败而逃之后，联盟并没有沉浸在短暂的喜悦之中，而是迅速展开了对残余敌人的清扫行动，力求彻底消除隐患，巩固来之不易的胜利果实。
一支由战舰、生物机甲和特战小队组成的联合清扫部队迅速组建，他们沿着暗影议会舰队逃窜的方向全速追击。舰队开启最大功率的探测系统，不放过任何一丝可能隐藏敌人的踪迹。生物机甲部队在空中呈扇形散开，利用其超强的机动性和敏锐的感应能力，搜索着星际间的残骸碎片和小行星带，防止暗影议会残兵败将利用这些隐蔽之处负隅顽抗。
特战小队则深入一些疑似敌人藏身的星球和空间站，进行地毯式搜索。他们身着特制的隐形战斗服，携带最先进的武器装备，如同鬼魅般穿梭在废弃的建筑和阴暗的地道中。在一颗被战争摧毁得满目疮痍的星球上，特战小队发现了一处隐藏在山谷中的暗影议会临时据点。据点周围布满了伪装网和能量陷阱，看似平静，实则暗藏玄机。
小队队长通过热成像仪和生命探测仪仔细观察后，制定了详细的突袭计划。队员们分成几个小组，从不同方向悄悄逼近据点。当接近到一定距离时，一组队员率先发射了电磁脉冲弹，瞬间瘫痪了据点的防御系统。其他队员趁机冲进去，与留守的暗影议会成员展开激烈战斗。在狭窄的通道内，枪声、喊杀声交织在一起，特战队员们凭借精湛的格斗技巧和精准的射击，迅速解决了敌人，摧毁了据点内的重要设施和物资储备。
在太空战场上，联盟舰队也遭遇了一些零散的抵抗。一些暗影议会的飞行器试图利用小行星作为掩体，对联盟舰队进行偷袭。但联盟舰队早有防备，通过精确的坐标计算和火力协同，将这些敌人一一消灭。战舰上的炮手们熟练地操控着光子裂变炮，根据探测器传来的信息，精准地打击目标，每一次射击都伴随着敌方飞行器的爆炸，化作宇宙中的一团烟火。
生物机甲部队在清扫过程中发挥了重要作用。他们不仅能够快速穿梭于复杂的战场环境，还能对一些难以到达的区域进行搜索。有一次，几台生物机甲发现了一艘隐藏在星云深处的暗影议会战舰，这艘战舰虽然受损严重，但仍具备一定的战斗力。生物机甲驾驶员们毫不犹豫地冲上去，利用机甲的速度和灵活性，围绕着战舰展开攻击。他们时而贴近战舰，用机械臂上的武器切割战舰的外壳，时而拉开距离，用光子裂变炮进行远程打击。经过一番激烈战斗，最终成功摧毁了这艘战舰。
随着清扫行动的持续深入，暗影议会的残余势力被逐渐消灭干净。联盟彻底掌控了战场局势，各个星球和星系的秩序开始逐步恢复。民众们欢呼雀跃，庆祝战争的胜利，而联盟高层也开始着手制定战后重建与发展的计划，期待着一个更加繁荣稳定的未来。
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